Il protagonista è Boruto, un ragazzo che non ha lo stesso sogno del padre: non desidera infatti diventare Hokage, ma diventare un forte ninja per poter proteggere il villaggio. Boruto è un personaggio più contemporaneo, meno idealista (pur avendo nobili intenti, non disdegna scorciatoie e mezzi sleale per perseguire il suo scopo) e più disilluso, tanto da rappresentare una rottura con l'eroe classico e segnare un passaggio importante per tutti coloro che sono cresciuti con Naruto.
Sono passati alcuni anni dalla fine della guerra dei Ninja. Naruto Uzumaki ora è il settimo Hokage del Villaggio della Foglia e spesso le responsabilità per il villaggio lo portano a trascurare la famiglia. Questo gli crea molti attriti soprattutto con il figlio maggiore, Boruto, che lo accusa di trascurare la famiglia per i suoi impegni burocratici e quindi decide di farsi allenare dal suo storico rivale, e migliore amico, Sasuke. Gli esami dei Chunin sono alle porte e Boruto è fermamente intenzionato a mettersi in mostra. All'esame partecipano tanti giovani ninja, tra cui Sarada Uchiha, figlia di Sasuke e Sakura, Shikadai Nara, figlio di Shikamaru, e il misterioso Mitsuki, compagno di squadra di Boruto. La via degli Shinobi sarà messa nuovamente in discussione, e una nuova minaccia incomberà sul villaggio…
